V dávných dobách na jeho území žil kmen Zličanů, po jejich vymření je vystřídali Slavníkovci a po jejich vyvraždění zde pobývali Přemyslovci. V roce 995 se území dostalo pod správu Boleslava II.
První historické zmínky lze nalézt v Kosmově kronice, a to v části, kterou po Kosmově smrti psal sázavský mnich. Vzpomíná na opata Silvestra, který v Mnichovicích nechal vybudovat baziliku k uctění sv. Michaela a nebeských ctností.
Prameny z roku 1134, kdy byla obec doložitelně založena, přinášejí i názvy Mnichovicium a Mnichovicí. Sázavští mniši velmi ovlivnili místní život, pořádali trhy a zakládali rybníky.
Bazilika byla roku 1330 přestavěna v gotickém stylu a zasvěcena Panně Marii, vedle ní byla postavena i fara. V roce 1420 se Mnichovice staly městečkem a o rok později je dobyli husité. Nedrželi je však dlouho, již po roce se jejich vlastníkem stal Vilém Kostka z Postupic. Po dalších šesti desetiletích se dočkaly od krále Vladislava II. svého městského znaku. Roku 1510 získává Mnichovice Arnošt Leskovec z Cerekvice a přebírá s nimi bídu i špatnou morálku místních obyvatel, mezi nimiž se rozmáhají krádeže i časté šarvátky.
Po dalších šesti letech jsou připojeny k hradeckému panství a mají též hrdelní právo. Památka na popravy se dochovala dodnes v podobě místního návrší, zvaného Šibeničky.
Od šestnáctého století se obcí táhnou katastrofy
V roce 1531 vypukl v Mnichovicích první z mnoha požárů, při kterém došlo ke zničení vzácných obecních listin. Privilegia znovu obnovil Ferdinand I.
Další zásadní kapitolou historie obce se stává období třicetileté války, která i sem přináší plenění a devastaci. Po bitvě na Bílé hoře je obnovována katolická víra i pomocí armády, jež pomáhá napravovat husitské věřící. V této nelehké době opouští obec mnoho sedláků, kteří nejsou schopni dát do pořádku své zdevastované statky a nemají na dávky pro pány.
V roce 1631 postihl Mnichovice další požár, který napáchal velké škody. Zničil skoro veškerou novou výstavbu. Znovu byla Mnichovicím obnovena privilegia, tentokrát Ferdinandem II. Adam z Valdštejna ve snaze pomoci stíhanému obyvatelstvu dal městečku várečné právo a snížil robotu. Obnova budov se nesla v barokním slohu.
V polovině 17. století se zdá, že městečko nabírá nový dech. Vznikají cechy a obyvatelé se snaží postavit zpět na nohy. Udeří však další rána – mor. V roce 1680 postihuje toto hrozivé onemocnění i oblast Mnichovic, a ještě jednou se sem vrátil v roce 1713. Těžce zkoušené obyvatelstvo nechá postavit na paměť této události barokní sochu Panny Marie Svatohorské.
Jako by morová rána nestačila, vrhá se na Mnichovice série požárů. Roku 1746 padne ohni za oběť více než 20 domů a kostel. O pět let později přežije novou katastrofu jen pět domů a kostel. Následuje více než půl století bez ohňového démona, ale roku 1814 je zpět! Za oběť mu padá 16 budov a radnice. Třicátá léta 19. století přinášejí epidemii cholery, ta se Mnichovicím vrátí hned třikrát – v letech 1832, 1836 a 1866. Světlým bodem v této pohnuté historii je rok 1848, kdy se městečko osamostatnilo.
To však nevneslo poklid, blíží se další devastace. Mnichovice stíhá opět série požárů – v roce 1865 hoří pivovar a okolní domy, během dalších čtyř let se oheň vrací ještě dvakrát a předznamenává velký a nadlouho již poslední požár. Roku 1872 je při něm zničena radnice, kovárna a velké množství domů.
Mnichovice měly za svou dlouhou existenci více než dvacet majitelů, od poloviny 19. století patřily pod soudní okres Říčany, od roku 1960 jsou začleněny do Středočeského kraje, okres Praha-východ.
Přestože byly v minulosti špatným přepisem, který se však vžil, označeny městem, jsou jím až od 19. 5. 2000. V tento den je na ně povýšil prezident Václav Klaus.
